Кафедра патологической анатомии создана в 1971 году. Основателем кафедры и её первым заведующим долгие годы была профессор Галина Анисимовна Панфилова. Будучи выпускницей Свердловского государственного медицинского института и в дальнейшем заведующей патологоанатомической лабораторией Свердловского НИИ туберкулёза, она в 1969т году защитила докторскую диссертацию и была в этом же году приглашена на работу в Чувашский государственный университет имени И.Н. Ульянова на доложность доцента курса патологической анатомии, который в 1971 году был преобразован в кафедру.
За годы работы Г.А. Панфиловой на кафедре был создан патологоанатомический музей, в котором представлены все основные заболевания человека, была организована гистологическая лаборатория, в которой изготовлялись гистологические препараты, необходимые для учебного процесса и для научной работы. В эти годы активно закупались микроскопы, таблицы, муляжи. Под руководством Г.А. Панфиловой на кафедре активно велась научная работа, посвящённая различным разделам патологический анатомии; особое внимание уделялось патологической анатомии туберкулёза, пневмокониоза и других заболеваний лёгких. Г.А. Панфиловой было опубликовано 94 научные статьи. Также на кафедре разрабатывались методические пособия для студентов по патологической анатомии.
С 1988 года Г.А. Панфилова передала кафедру профессору Л.А. Фаустову, который руководил кафедрой до 1989 года.
С 1989 года заведующим кафедрой патологической анатомии стал выпускник Горьковского медицинского института имени С.М. Кирова доктор медицинских наук профессор И.И. Малышев, который руководит кафедрой и по настоящее время.
На кафедре ведётся научно-исследовательская работа. Сотрудники кафедры разрабатывают вопросы регенерации патологически изменённых органов и обратимости патологических изменений, краевую патологию. За последние пять лет было опубликовано в международных изданиях, центральной научной медицинской печати, в местных изданиях около 100 научных статей. За последние пять лет два сотрудника кафедры защитили кандидатские диссертации (2006 и 2007 года). Романова Л.П. в 2006 году защитила диссертацию на тему « Регенерация печени у плодов крыс после механической травмы» (2006г), О.В. Воробьёва в 2007 году защитила кандидатскую диссертацию на тему « Влияние экспериментального цирроза печени у самок крыс на патологию и регенерацию печени у потомства». В настоящее время на кафедре готовятся к защите две докторские (Л.П. Романова и О.В. Воробьёва )и две кандидатские ( П.Б. Карышев, О.Ю. Гурьева )диссертации.